لا يتم عمل عينات للمجهر التشريحي : لأنه يستخدم لرؤية العينات في حالتها المجسمة وهي ال 3d وتجهيز العينة وعمل قطاعات عرضية بها يجعل العينة 2d لذا فنحن لسنا في حاجة إلى تجهيز العينة والعينة عى عبارة عن قطاع عرضى ثنائى البعد فى الكائن الحى لذا يمكن عرض جزء من الكائن بدون أخذ قطاع عرضى منه وعلى سبيل المثال يمكن وضع ورقة شجر سليمة أو كائن حى صغير أو جزء من كائن حى أو نسيح سليم لدراسته على المستوى التشريحى وليس الخلوى .
