المضاعفات التي قد تحدث عند اجراء البزل القطني يمكن ان يحدث نزيف بالقرب من موضع البزل أو في المنطقة التي فوق الجافية وقد يؤدي الي انفتاق جذع الدماغ ويمكن ان تشكل كدمات أو التهاب سحايا أو تسرب للسائل الدماغي الشوكي بعد البزل القطني ويمكن ان يحدث صداع بعد سحب السائل