يتم صنع خل التفاح عن طريق تخمير عصير التفاح بواسطة بكتيريا خاصة، ويمكن صنعه في المنزل عن طريق إضافة بكتيريا الخميرة إلى العصير وتركه في مكان دافئ ومظلم لمدة 3-4 أسابيع ثم تصفيته وتخزينه في زجاجات. يمكن إضافة مواد أخرى مثل العسل أو الفواكه لإضفاء نكهة مختلفة.