يتميز المجهر الضوئى المركب عن المجهر الإلكترونى الماسح هو ان :
1) المجهر الضوئى أبسط وأسهل فى الإستخدام عن المجهر الإلكترونى
2) التكلفة المجهر الضوئي أرخص وأقل ثمنا من المجهر الإلكترونى
3) نوع الإشعاع، فالمجهر الضوئي يستخدم الطول الموجي بين ٤٠٠-٦٠٠ نانوميتر، في حين أنَّ المجهر الإلكترونيّ يستخدم حزم من الإلكترونات طولها الموجي ١ نانوميتر.
4)المجهر الإلكتروني له دقة عالية عن الضوئي.
5)المجاهر الإلكترونية تُعطى صورة أكثر تفصيلًا للأشياء بالمقارنة مع المجهر الضوئي.
6)الفرق بينهم أيضا أن الإلكترونى يُعطى صورة ثلاثية الأبعاد ولكن الضوئي يُعطى صورة ثنائية الأبعاد .
7) عملية معالجة العينات عند الرؤية بالمجهر الإلكتروني تتطلب أمور أكثر تعقيدًا مقارنةً بالمجهر الضوئي.
8)يمكن مشاهدة الأشياء بالمجهر الضوئي مباشرة بالعدسة أمّا المجهر الإلكترونيّ فيتطلّبُ استخدام شاشة إلكترونية لأنَّ العين البشرية غير قادرة على رؤية الإلكترون مباشرة.
9) اختلاف القدرة على التكبير، فالمجهر الإلكتروني له قدرة على تكبير الأشياء أكثر من مئة مرة بالمقارنة مع المجهر الضوئي.
10) لا يمكنُ رؤية أيّ مادة حية بالمجهر الإلكتروني وهذا على عكس المجهر الضوئي.
11) اما اللون، نظرًا لأنَّ المجاهر الضوئية تستخدم الضوء المرئي فيمكن رؤية الصورة بالألوان المرئية العادية( الوان الضوء)، أما المجهر الإلكتروني فتعطي صورة باللون الرمادى او الأبيض والأسود وبكفاءة أعلى.
12) الحجم، فالمجهر الضوئيّ حجمُه صغير عن حجم المجهر الإلكتروني.
13) يحتاج استخدام المجهر الإلكتروني إلى خبرة عالية وهذا على العكس من المجهر الضوئي سهل الاستخدام والذي يتعلم على استخدامه طلبة المدارس والجامعات .
