كان كليبر من أنصار الجلاء عن مصر لأن الأخطار تهدد الحملة الفرنسـية من كل جانب
فالجيش في تناقص عددي بسبب المعارك والحروب الداخلية والخارجية ، والدولة العثمانية
أرسلت حملة أخرى إلى العـريش ودمياط ، والمماليك عادوا للمقاومة ، وتجددت ثورات المصريين في
الشرقية وإمتدت إلى وسط الدلتا وغربها ، مما أدى إلى إتجاه كليبر للتفاوض مع الدولة العثمانية ( إتفاقية
العريش1800م )