تختلف وضوح الصور للعينات المفحوصة بين المجهر الضوئي والمجهر الالكتروني:
المجهر الالكترونى لة القدرة على اعطاء صورة اكثر تفصيل مقارنة بالمجهر الالكترونى
فالمجهر الالكترونى يظهر الصورة ثلاثية الابعاد اما المجهر الضوئى فيظهرها ثنائية الابعاد
المجهر الضوئى يستخدم طول موجى من 400 الى 600 نانومتر
اما المجهر الالكترونى يستخدم طول موجى 1نانومتر لذلك دقتة اعلى بكثير من المجهر الضوئى